A prova do ENEM costuma abordar nos seus conteúdos de biologia questões interdisciplinares. Aqui vão alguns temas recorrentes:
Ecologia: questões relacionadas, principalmente, a desequilíbrios ambientais;
Evolução: questões de evolução com cladogramas, um diagrama usado que mostra as relações filogenéticas ou genealógicas, nos quais o candidato terá que apontar as novidades evolutivas entre as espécies analisadas.
Genética: a prova não tem abordado questões tradicionais de cruzamentos, mas sim questões de engenharia genética e biotecnologia (transgênicos, clonagem, células-tronco, etc.).
Doenças infecto parasitárias: malária, dengue, e várias verminoses são comuns na prova do ENEM. O aluno deve ficar atento principalmente aos ciclos de vida dos agentes infectantes e das medidas profiláticas.
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